1.史前时代
马来西亚最早的历史可追溯到史前时代。距今约4万年前，马来半岛和北婆罗洲都曾经出现过石器时代的人类活动遗迹。
2.印度文化时代
马来半岛位于古代中国与印度的中途站。公元初期，马来半岛先后出现了布秧谷、狼牙修、丹丹、盘盘、赤土等许多以印度文化为基础的邦国。印度人带来了宗教和制度，中国商人带来了器皿和农作物，使马来半岛成为当时的国际贸易中心。汉代以后，这些邦国与中国的交往日益增多，并建立了官方关系。公元5至7世纪初，这些邦国都曾多次派使臣到中国，与中国保持友好往来。公元7世纪，马来半岛被苏门答腊的室利佛逝王朝统治，13世纪又被满者伯夷王朝掌控。
3.马六甲王朝
建于1403年的马六甲王朝是马来西亚历史上第一个有史可载的王国。开国君主是苏门答腊的王子－拜里米苏拉，他以一种叫作“马六甲”(Melaka)的树木名字来命名王朝。为免受暹罗王国势力侵扰，拜里米苏拉向奉明成祖之命巡视南洋的尹庆求助，并派特使前往朝见明成祖，明成祖册封马六甲苏丹为“国王”。
1405年，郑和率领中国舰队第一次到访马六甲。1411年，拜里米苏拉亲自带王子伊斯干达沙及450名随从前往中国朝贡，受到明成祖热情款待。由于暹罗是明朝藩属，拜里米苏拉以接受明朝册封的办法保存了马六甲王朝。1459年，明成祖将汉丽宝公主嫁给继任苏丹满速沙，满速沙将三保山赐给汉丽宝和500多名随从居住。此后凡郑和出使南洋都会在三保山驻留。
马六甲王位传给第四任苏丹时，苏丹穆萨法沙将伊斯兰教定为国教，并将马六甲王朝的势力范围扩充至马来半岛北部的克拉海峡与苏门答腊岛，控制了马六甲海峡的航运。当时中国发明的指南针已被马六甲王朝用于航海，中国铸造钱币技术也流传到马六甲。
1509年葡萄牙商船首次抵达马六甲港口寻求开展贸易被拒绝。1511年7月，葡再次被拒后，双方进入战争状态。经半个月战争，葡萄牙人占领马六甲，苏丹马末沙逃亡柔佛。1536年其子苏丹阿拉乌丁利雅沙地二世建立廖内－柔佛王朝。
马六甲王朝共传位7位苏丹，历时108年。马六甲王朝在全盛时期是闻名于世的港口和经贸中心，吸引了许多中国、印度、阿拉伯和欧洲等国家的商人，使其成为东西方贸易枢纽和多种文化相互交融之地。
4.殖民地时期
为防止马六甲王朝残余势力入侵，葡萄牙人占领马六甲后，在圣保罗山上建立城堡。由于葡萄牙人采取垄断政策，阿拉伯的穆斯林商人转向与刚在苏门答腊北部兴起的亚齐王国开展贸易，马六甲的国际贸易地位一落千丈。
香料贸易的极大利润激发了荷兰人与东方直接贸易的热忱。1640年，荷兰人联合亚齐王国和廖内－柔佛王朝的军队，封锁马六甲，使葡萄牙人陷入绝境。1641年荷兰人占领马六甲，结束了葡萄牙人130年的统治。荷兰人采取相对灵活的办法发展贸易，其势力范围逐渐扩大至整个马来半岛，并在霹雳州的邦咯岛建立炮台，保障其在天定河口的贸易安全。
1785年，英国东印度公司的莱特和吉打苏丹谈判，并同意以3万西班牙币和提供军事援助为条件，与吉打苏丹交换槟榔屿。次年，英国人正式占领槟榔屿，并在槟榔屿建立炮台，即今天的旧关仔炮台。1800年，英国人又以4000西班牙币换取槟榔屿对岸土地。1819年，英国人莱佛士威逼柔佛苏丹割让出新加坡。至此，英国人在马六甲海峡的南北两端各占有重要地盘，扼制该地贸易。
1793年，英法战争开始，法国进攻英国盟国荷兰。荷兰国王将荷兰的海外殖民地交由英国管理，其中包括荷属马六甲。1824年英荷签署《英荷协定》划定两国在东南亚的势力范围，英国以苏门答腊的明古连交换荷兰占据的马六甲，结束了荷兰人在马来半岛183年的统治。
1874年，英国人通过插手霹雳州的拿律事务，进入霹雳州的政治舞台，接着进入雪兰莪、森美兰和彭亨州，并派驻参政司管理，在1896年将四邦组成马来联邦。除风俗习惯和宗教外，参政司有权制定一切法律，即所谓的参政司制度。1909年，英国人从暹罗手中获得吉兰丹、吉打、玻璃市、登嘉楼的管辖权，并于1914年介入柔佛，将这五邦组成马来属邦，委派高官管理。至此，英国人完全占有马来半岛的土地及原产品资源。在此期间，北婆罗州于1888年成为英国保护国，沙捞越和沙巴也正式沦为英国殖民地。
1941年12月，日本发动太平洋战争，英军被日军打败，致使马来半岛落入日本侵略者手中。马来亚人民对日军的侵略进行了英勇反抗，其中以马来亚华侨为主的“马来亚人民抗日军”担当了抗日主力军，英勇作战300多次，打死打伤日伪军5500多人。在日军占领马来亚的3年零8个月内，约有10多万人被残杀，其中大部分是华人。1945年8月日本投降后，马来亚重新沦为英国殖民地。
5.争取独立时期
二战后，英国继续对马来半岛各邦实行政治上“分而治之”和经济上殖民掠夺的政策，激起人民的不满情绪，争取民族独立的运动风起云涌。马来亚人民多次举行游行示威和请愿，英政府被迫屡屡让步妥协，直到1955年巫统（马来民族统一机构）、马华（马来亚华人公会）、国大党（马来亚印度人国大党）联合组成的联盟政党－国民阵线（简称“国阵”）大选获胜，成为国会的执政党，但享有否决权的英钦差大臣仍掌握实权。同年12月，拉赫曼率团前往伦敦开展争取独立的行动。1956年2月，马英双方正式达成协议，英国终于同意让马来亚独立。
1957年8月31日，马来亚联邦正式宣告成立。这一天被定为“独立日”（merdeka），也是马来西亚的国庆日，它标志着英国在马来亚长达171年殖民统治的结束。1959年8月全国大选，被誉为“马来（西）亚国父”的拉赫曼成为马来亚联邦第一任总理。
当马来亚联邦独立时，沙巴、沙捞越和新加坡还未摆脱英国殖民统治。经过多次谈判，1963年6月达成协议，英政府同意新加坡、沙巴、沙捞越以州名义与马来亚联邦合并组成马来西亚。此协议在1963年8月31日生效。1963年9月16日，马来西亚正式宣布成立。现马来西亚仍是英联邦成员国。
6.独立建国至今
马来西亚成立之初，即经历了马印冲突、1965年新加坡独立以及1969年的“五一三”种族冲突事件。此后，总理拉扎克开始推行颇受争议的“新经济政策”，目标是通过配额制，提高土著的经济权益比例。此后，马来西亚维持一套精心规划的族群政治平衡，政府体系试图将整体的经济发展与政治经济政策相结合，以提倡所有民族的平等参与。
1981年至2003年马哈蒂尔担任总理期间，马来西亚经历了快速的经济成长。由原先以农业为基础的经济，转变为以制造业与工业为主的经济。马来西亚的地理景观也因多项大型计划而改变，包括国家石油公司的双峰塔（曾经是世界最高建筑物，目前仍是世界最高的双子星大楼）、吉隆坡国际机场、南北大道、雪邦国际赛道、多媒体超级走廊、沙捞越巴贡水坝以及新的联邦行政首都布城。
2003年，马在位最久的总理马哈蒂尔宣布退休，由副总理巴达维接任。在2004年马来西亚大选中巴达维领导的国民阵线大获全胜。
2004和2008年，巴达维两次蝉联总理。2009年3月，巴达维辞去党政职务。4月，纳吉布接任国阵、巫统主席，并担任马第六位总理。2013年5月，纳吉布领导的国阵赢得第十三届全国大选继续执政。
2018年5月9日，马来西亚举行第十四届大选，马哈蒂尔领导的希望联盟赢得国会下议院超过半数的议席。马哈蒂尔宣誓就任总理。7月2日，马新政府完成组阁。
